目前,酵母双杂互作验证实验有多种方案,本公司根据多年经验,总结出一个较优的点板互作验证实验方案,分为三个步骤:共转化,阳性克隆鉴定(选做),互作检测,本方案还对常见互作验证结果进行了分析。按照本方法流程操作,在最大程度上节约时间,最快10 d可出实验结果。
注:本方案不适用大批量酵母双杂交实验,因为蛋白表达、自激活检测和毒性验证应该预先完成。
产品组成:
注:
1.本试剂盒可用于10对互作蛋白验证(质粒除外)。
2.注意每个成份的保存温度,感受态细胞务必-80℃保存。
3. 0.5L×3代表:3个包装,每个包装0.5L;5×1mL代表:1个包装,含5个1mL。
实验方法:
一、实验耗材和试剂
本试剂盒提供的产品以产品组成为准,部分试剂和耗材需要自备,也可以在本公司单独购买。
1. 灭菌的枪头(1000 μL、200 μL、10 μL)、涂布棒或玻璃珠,Φ90 mm培养皿,备用。
2. Carrier DNA在95-100 ℃水浴5 min,后快速冰浴,可再重复一次,备用。
3. 金担子素准备:取100 μL AbA(1mg/mL)于900 μL无水乙醇中稀释,充分混匀,即AbA浓度为100 μg/mL,4 ℃冰箱中备用(稀释10倍后使用有利于在培养基中混匀,建议按用量稀释)。
4. 普通平板制备:
将1条培养基倒入0.5 L去离子水中,无需调节pH值,高压灭菌(如,115 ℃灭菌20 min)。液体培养基4℃保存备用;固体培养基,按照20-25 mL/块倒平板(Φ90 mm),凝固后放入4 ℃冰箱保存。
5. 特殊平板制备:
SD/-Ade/-His/-Leu/-Trp with Agar(X-α-gal):将一条SD/-Ade/-His/-Leu/-Trp with Agar培养基溶于500 mL去离子水,无需调节pH值,高压灭菌(如,115 ℃灭菌20 min),冷却至50 ℃左右,每25 mL固体培养基加入25-50μL X-α-gal母液,倒平板(25 mL/块,Φ90 mm),凝固后于4 ℃冰箱保存。
SD/-Ade/-His/-Leu/-Trp with Agar(AbA +X-α-gal):将一条SD/-Ade/-His/-Leu/-Trp with Agar培养基溶于500 mL去离子水,无需调节pH值,高压灭菌(如,115 ℃灭菌20 min),冷却至50 ℃左右,每25 mL固体培养基加入25-50μL X-α-gal溶液(20mg/mL),金担子素(AbA)参考表1加入,倒平板(20 mL/块,Φ90 mm),凝固后于4 ℃冰箱保存。
二、菌株使用及保存
1. 挑取一环甘油保存的菌液(约10-50μL)于SD/-Leu/-Trp平板上划线,28 ℃培养3-5 d,培养出来的单菌落可直接用于互作验证实验。
2. 挑取单菌落于SD/-Leu/-Trp液体培养基中,28 ℃培养48 h,OD600应大于1,取1 mL菌液集菌,弃上清,加入0.2 mL 15%甘油,-80 ℃可长期保存。
三、实验方法
双杂实验方案较多,本公司根据多年经验,给出一个较优的点板互作验证实验方案,我们将蛋白表达,自激活检测,毒性验证放在互作检测之后(本方案不作分析)。我们假设载体构建已完成,分为三个步骤:共转化,阳性克隆鉴定(选做),互作检测,本方案还对常见互作验证结果进行了分析。
3.1 共转化
1. 取100 µL冰上融化的Y2HGold感受态细胞,依次加入预冷的质粒pGBKT7(2-5 µg,约5 μL),pGADT7(2-5 µg,约5 μL),Carrier DNA(95-100 ℃,5 min,快速冰浴,重复一次)10 µL,PEG/LiAc 500 µL并吸打几次混匀,30 ℃水浴30 min (15 min时翻转6-8次混匀)。
2. 将管放42 ℃水浴15 min (7.5 min时翻转6-8次混匀)。
3. 5000 rpm离心40 s弃上清,ddH2O 400 µL重悬,离心30 s弃上清。
4. ddH2O 50 µL重悬,涂布于SD/-Leu/-Trp平板,28 ℃培养48-96 h。
注:按表1,将各质粒转入酵母Y2HGold感受态细胞中,阳性和阴性对照菌株于SD/-Leu/-Trp平板划线活化。
表1 酵母转化反应
注:对照组1*和2*可以更好的体现实验组是否有互作。
3.2 阳性克隆鉴定(选做)
此步骤可以省略。详细步骤可参考SK2420酵母阳性克隆快速检测试剂盒,本试剂盒包含猎物AD引物,诱饵BD引物可根据实际情况设计。
3.3 互作检测
1. 每个样品挑取新鲜单克隆(2-3 mm)于1 mL ddH2O无菌水中重悬,OD600调至0.2(也可以用SD/-Leu/-Trp液体培养基培养至OD600=0.2)。
2. 用ddH2O依次稀释10倍,100倍,1000倍(即OD600=0.2、0.02、0.002、0.0002)。
3. 按照先实验组后对照组的顺序,分别点10 μL菌悬液于SD/-Leu/-Trp、SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-α-gal平板(如已知自激活浓度,需加入AbA),28 ℃培养48-96 h。
图1. 梯度稀释点板
四、结果分析
4.1 互作/无互作
由图2可知,对照组Y2HGold(pGBKT7-53+pGADT7-T)和Y2HGold(pGBKT7-Lam+pGADT7-T)在SD-Leu/Trp板上长势相同;Y2HGold(pGBKT7-53+pGADT7-T)在SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-α-gal板上显蓝色,且长势同SD/-Leu/-Trp板;而Y2HGold(pGBKT7-Lam+pGADT7-T)在SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-α-gal板上不生长且不显色,所以,pGBKT7-53与pGADT7-T有互作,pGBKT7-Lam与pGADT7-T无互作。同理,pGBKT7-Bait1与pGADT7-Prey1有互作,pGBKT7-Bait1与pGADT7无互作(即pGBKT7-Bait1无自激活)。
4.2 Bait蛋白有自激活
Y2HGold(pGBKT7-Bait2+pGADT7-Prey2)和Y2HGold(pGBKT7-Bait2+pGADT7),在SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-α-gal板上显蓝色,且长势同SD/-Leu/-Trp平板,所以pGBKT7-Bait2具有自激活。解决自激活:在SD-Leu/Trp/His/Ade/X-α-gal板中加入梯度浓度的(AbA),重做互作验证实验即可。(更多问题解答可参考http://coolaber.com/Column.asp?Model=Content_Detail&Column_ID=29596&C_ID=273086949)
4.3 Prey蛋白有毒性
在SD/-Leu/-Trp平板上Y2HGold(pGBKT7-Bait3+pGADT7-Prey3)长势明显弱于Y2HGold(pGBKT7-Bait3+pGADT7)但是在SD/-Leu/-Trp/-His/-Ade/X-α-gal板上Y2HGold(pGBKT7-Bait3+pGADT7-Prey3)能够显蓝色(虽然长势弱),Y2HGold(pGBKT7-Bait3+pGADT7)不能生长或生长较弱,同样能够证明pGBKT7-Bait3与pGADT7-Prey3有互作,pGBKT7-Bait3与pGADT7无互作(即pGBKT7-Bait3无自激活)。
五、总结
目前,酵母双杂互作验证实验常使用Y2HGold-GAL4系统,此外还有AH109-GAL4、EGY48-LexA和ProQuest系统,我们更推荐第一个方案。Y2HGold有四个报告基因,不仅可以很好的抑制诱饵自激活,而且能大大降低酵母双杂假阳性的概率。本公司根据多年经验,给出的点板互作验证实验方案,不仅减少培养基的使用,还能清楚的展现出实验组是否发生互作。本方案分析了三种实验结果互作/无互作,蛋白有毒性,诱饵有自激活,更多的问题解答,可联系本公司。
Coolaber
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